對於用藥效果不佳之憂鬱症患者，或者服用藥物有嚴重副作用時，可考慮運用重複性經顱電磁刺激治療儀（rTMS）。此機器原理是利用電磁波來刺激功能失調的前額葉皮質區，發出微量電流，進一步影響與情緒調節相關之神經迴路。
臨床使用，每週5次，每次40分鐘，2週為一個療程，做完一個療程，憂鬱症改善率為5~6成，連續進行4週以上的療程，憂鬱症改善程度會更理想。美國FDA於2008年核准使用重複性經顱電磁刺激治療儀（rTMS），用來治療對藥物療效不佳之重度憂鬱症患者，或者是一再復發之憂鬱症患者。台灣衛福部已於去年核准此療法。
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