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糞菌移植是直接去取大約50公克至100公克健康人的糞便，再加以生理食鹽水予以過濾、精煉其中雜質，經過反覆處理，得到含有腸道菌的糞液，成為接近透明的液體。再透過內視鏡或灌腸的方式將其糞液注入在患者腸道生長，藉此方法讓患者的腸道菌互相恢復平衡。分辨的提供者大多數是找健康的親屬或是管理完善的糞菌銀行。糞菌移植療法最常使用在偽膜性腸炎，國外已超過500個偽膜性腸炎患者接受糞菌移植療法，治愈率可高達九成。副作用最低，甚至於可以減少復發，效果最為明確。
糞菌移植療法除了偽膜性腸炎之外，還可應用在發炎性大腸癌、大腸急躁症、大腸癌，甚至於心血管疾病、代謝症候群、肥胖症、過敏性疾病等等，因為上述的疾病很可能與腸道菌相失衡有關。衛生署已通過審查，最快今年八月上市。
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